分けて計測することが可能です。

会員と非会員は、KARTEでは”メンバー”と”ビジター”と呼ばれます。
ユーザータグ において、サイト側のuser_idを送っていただくと、メンバーとして認識します。

また、セグメントを利用(会員 非会員など)することで、独自のルール(例:login時にリファラーにフラグが付加される)で、会員と非会員を区別し、接客サービスを配信仕分けることなどが可能です。